Health

Effecten van eerdere infectie en vaccinatie op symptomatische Omicron-infecties

Studiepopulatie en gegevensbronnen

Het onderzoek is uitgevoerd onder de inwoners van Qatar. We analyseerden informatie uit gefedereerde nationale databases met betrekking tot vaccinatie tegen Covid-19, laboratoriumtests, ziekenhuisopnames en sterfgevallen. Deze gegevens zijn geëxtraheerd uit het National Integrated Digital Health Information Platform. De databases bevatten alle SARS-CoV-2-gerelateerde gegevens en bijbehorende demografische informatie sinds het begin van de pandemie. Deze databases bevatten, zonder ontbrekende informatie, de resultaten van alle polymerasekettingreactie (PCR)-tests en, meest recentelijk, snelle antigeentests die zijn uitgevoerd in zorginstellingen op of na 5 januari 2022. datum.

Alle PCR-tests (maar geen snelle antigeentests) die in Qatar worden uitgevoerd, worden geclassificeerd op basis van symptomen en de reden van de test. Van alle PCR-tests die tijdens deze studie werden uitgevoerd, werd 19,2% uitgevoerd vanwege klinische symptomen. Qatar heeft een ongewoon jonge en diverse bevolking – slechts 9% van de inwoners is 50 jaar of ouder en 89% zijn expats uit meer dan 150 landen.tien Qatar lanceerde in december 2020 zijn Covid-19-vaccinatieprogramma met de BNT162b2- en mRNA-1273-vaccins.11 Andere beschrijvingen van de onderzoekspopulatie en nationale databases zijn eerder gerapporteerd.4.10-15

studie ontwerp

De studie evalueerde de werkzaamheid van eerdere infectie, vaccinatie met BNT162b2 of mRNA-1273 en hybride immuniteit (voorafgaande infectie en vaccinatie) tegen symptomatische infectie met BA.1, BA.2 en elke omicn-infectie.2.15-18 We gebruikten een test-negatieve case-control-opzet, waarbij schattingen van de werkzaamheid werden afgeleid door de kans op eerdere infectie of vaccinatie of beide tussen case-deelnemers (mensen met een positieve PCR-test) te vergelijken met die van de controles (PCR-negatieve mensen).2.15-18 We hebben ook de werkzaamheid beoordeeld tegen alle ernstige, kritieke of dodelijke gevallen van Covid-19.

Om de werkzaamheid tegen symptomatische infectie te schatten, hebben we de gevallen en controles die werden geïdentificeerd van 23 december 2021 tot 21 februari 2022 exact op elkaar afgestemd. kalenderweek van de PCR-test. De matching werd gedaan om te controleren op bekende verschillen in het risico van blootstelling aan SARS-CoV-2 in Qatar.10,19,20 Het is eerder aangetoond dat afstemming op deze factoren adequate controle biedt voor verschillen in het risico van blootstelling aan SARS-CoV-2 in onderzoeken met verschillende opzet, waarbij alle controlegroepen betrokken waren, zoals casestudies.- negatieve testcontroles.11,12,15,21,22 Om de werkzaamheid te beoordelen tegen elk ernstig, kritiek of fataal geval van Covid-19, hebben we een matching-ratio van 1:5 gebruikt om de statistische nauwkeurigheid van de schattingen te verbeteren.

Alleen de eerste PCR-positieve test die tijdens de onderzoeksperiode voor een individuele deelnemer werd geïdentificeerd, werd opgenomen, maar alle PCR-negatieve tests werden opgenomen. De controles omvatten mensen zonder een positieve PCR-test tijdens de onderzoeksperiode. Alleen PCR-tests uitgevoerd vanwege klinische symptomen werden in de analyses gebruikt.

SARS-CoV-2-herinfectie wordt conventioneel gedefinieerd als gedocumenteerde infectie die ten minste 90 dagen na een eerdere infectie optreedt, om verkeerde classificatie van langdurige PCR-positiviteit als herinfectie te voorkomen als een korter tijdsinterval wordt gebruikt.2.23 Voorafgaande infectie werd daarom gedefinieerd als een positieve PCR-test die ten minste 90 dagen vóór de in het onderzoek gebruikte PCR-test plaatsvond. Tests voor mensen met positieve PCR-tests die plaatsvonden binnen 90 dagen voorafgaand aan de PCR-test die in het onderzoek werd gebruikt, werden uitgesloten. Dienovereenkomstig werd aangenomen dat eerdere infecties in deze studie te wijten waren aan andere varianten dan omicron, omdat ze plaatsvonden vóór de golf van omicron in Qatar.2-4

PCR-tests voor mensen die andere vaccins dan BNT162b2 of mRNA-1273 kregen en tests voor mensen die gemengde vaccins kregen, werden uitgesloten van de analyses. Tests die plaatsvonden binnen 14 dagen na een tweede dosis of 7 dagen na een derde dosis vaccin werden uitgesloten. Deze in- en exclusiecriteria zijn geïmplementeerd om de ontwikkeling van immuniteit na vaccinatie mogelijk te maken4.14 en om verschillende soorten potentiële vooroordelen te minimaliseren, zoals aangegeven door eerdere analyses in dezelfde populatie.12.22 Elke controle die voldeed aan de inclusiecriteria en kon worden gekoppeld aan een casus, werd in de analyses opgenomen.

We vergeleken vijf groepen met de groep die geen eerdere infectie en geen vaccinatie had gehad. De vijf groepen werden gekenmerkt door het type blootstelling: eerdere infectie en afwezigheid van vaccinatie, vaccinatie met twee doses en afwezigheid van eerdere infectie, vaccinatie met twee doses en eerdere infectie, vaccinatie met drie doses en afwezigheid van eerdere infectie, en drie doses vaccinatie en eerdere infectie. . De groepen werden gedefinieerd op basis van de status van eerdere immunologische gebeurtenissen (infectie of eerdere vaccinatie) op het moment van de PCR-test.

Bas classificatie,8 kritisch,8 en fataal9 Covid-19-gevallen volgden de richtlijnen van de Wereldgezondheidsorganisatie en beoordelingen werden uitgevoerd door opgeleid medisch personeel met behulp van individuele kaartbeoordelingen volgens een nationaal patiëntenprotocol dat in het ziekenhuis was opgenomen met Covid-19. Details met betrekking tot de ernst, het belang en de classificatie van Covid-19-sterfgevallen zijn te vinden in sectie S1 van de aanvullende bijlage.

Laboratoriummethoden en verificatie van subvarianten

De grote ommicrongolf in Qatar begon op 19 december 2021 en bereikte een hoogtepunt medio januari 2022.2-4 Een totaal van 315 SARS-CoV-2-positieve willekeurige monsters, verzameld van 19 december 2021 tot 22 januari 2022, ondergingen virale sequencing van het hele genoom op een GridION-sequencing-apparaat (Nanopore Technologies). Van deze monsters werd bevestigd dat 300 (95,2%) ommicron-infecties waren en 15 (4,8%) delta (of B.1.617.2)1 infecties.2-4 Van de 286 omicron-infecties met bevestigde subvariante status waren 68 (23,8%) BA.1 en 218 (76,2%) waren BA.2.

We gebruikten de TaqPath COVID-19 Combo-kit (Thermo Fisher Scientific), die test op het spike (S)-gen van SARS-CoV-2 en de 69-70del-mutatie van het S-gen,24 om BA.1- en BA.2-infecties te identificeren. Een S-gendoelwitdefect werd gebruikt als een proxy voor BA.1-infectie en een niet-gen S-doelwitdefect werd gebruikt als een proxy voor BA.2-infectie. Aanvullende details met betrekking tot laboratoriummethoden voor realtime kwantitatieve reverse transcriptase-PCR-testen worden gegeven in sectie S2.

Toezicht

Deze retrospectieve studie werd goedgekeurd door de institutionele beoordelingsraden van Hamad Medical Corporation en Weill Cornell Medicine-Qatar, met een verklaring van afstand van geïnformeerde toestemming. De rapportage van deze studie volgt de richtlijnen voor het versterken van de rapportage van observationele studies in de epidemiologie (tabel S1). De studiefinanciers speelden geen rol bij het ontwerp, de gegevensverzameling, de gegevensanalyse, de gegevensinterpretatie of het schrijven van het manuscript. Alle auteurs hebben bijgedragen aan het verzamelen en verkrijgen van de gegevens, de bespreking en interpretatie van de resultaten en het opstellen van het manuscript. Alle auteurs hebben het definitieve manuscript gelezen en goedgekeurd.

Statistische analyses

Hoewel alle PCR-testrecords werden beoordeeld op casus- en controleselectie, werden alleen overeenkomende monsters geanalyseerd. Gevallen en controles werden beschreven met behulp van frequentieverdelingen en metingen van centrale tendens en vergeleken met behulp van gestandaardiseerde gemiddelde verschillen. Het gestandaardiseerde gemiddelde verschil werd gedefinieerd als het verschil tussen de gemiddelde waarde van een covariaat in de ene groep en de corresponderende gemiddelde waarde van een covariaat in de andere groep, gedeeld door de gepoolde standaarddeviatie, waarden kleiner dan 0, 1 wat wijst op een adequate wedstrijd.25

Odds-ratio’s, die de waarschijnlijkheid van eerdere infectie of vaccinatie of beide tussen gevallen vergeleken met die onder controles, en de bijbehorende 95%-betrouwbaarheidsintervallen werden afgeleid met behulp van regressie-voorwaardelijke logistiek. Deze analytische benadering, die ook matching omvat volgens de kalenderweek van de PCR-test, minimaliseert de mogelijke vertekeningen als gevolg van de variatie van de epidemische fase.16.26 en de inzet van vaccinatie tijdens de onderzoeksperiode.16.26 Betrouwbaarheidsintervallen zijn niet aangepast voor multipliciteit en mogen daarom niet worden gebruikt om definitieve verschillen tussen blootstellingsgroepen af ​​te leiden. Interacties zijn niet onderzocht. Werkzaamheid en bijbehorende 95%-betrouwbaarheidsintervallen werden berekend als 1 minus de oddsratio van infectie of eerdere vaccinatie, of beide, tussen gevallen versus controles.16.17 De referentiegroep voor alle schattingen omvatte mensen zonder eerdere infectie en zonder vaccinaties.

Er werd aanvullende analyse uitgevoerd om de effecten te onderzoeken van eerdere infectie, vaccinatie met twee doses en vaccinatie met drie doses als functie van de tijd sinds de immunologische gebeurtenis (voorafgaande infectie of vaccinatie). Deze analyse gebruikte dezelfde benadering als de primaire analyse, maar gestratificeerd op tijd sinds de meest recente immunologische gebeurtenis.

Een persoon werd geacht een eerdere positieve test te hebben gehad als die test positief was door middel van een PCR-test. Er werd een gevoeligheidsanalyse van de werkzaamheid tegen elke symptomatische infectie met omicron uitgevoerd, maar eerdere positieve tests waren gebaseerd op zowel positieve PCR als positieve snelle antigeentests, om te bepalen of uitsluiting van snelle tests positieve antigenen onze schattingen hadden kunnen vertekenen. Statistische analyses werden uitgevoerd met behulp van Stata/SE-software, versie 17.0 (StataCorp).

About the author

samoda

Leave a Comment